Spośród jednostek znajdujących się w Modlinie Ministerstwo Komunikacji przekazało marynarce wojennej statek „Weichsel” i cztery łodzie motorowe. Flotylla zapewniała osłonę transportu sprzętu i żywności na Wiśle. W sierpniu 1920 r. flotylla liczyła 7 uzbrojonych statków (każdy posiadał dwie armaty i cztery ckm) i kilkanaście mniejszych jednostek. Wzięła udział w bitwie warszawskiej. Flotylla Wiślana została rozformowana w 1925 r.