Pełnił tę funkcję do 19 stycznia 1945 r., kiedy to wydał rozkaz o rozwiązaniu AK. W marcu 1945 r., zaproszony wraz z członkami Delegatury Rządu na Kraj na pertraktacje polityczne, w wyniku prowokacji NKWD, został aresztowany razem z 15 innymi przywódcami AK i Polskiego Państwa Podziemnego i wywieziony do Moskwy. Oskarżony w sfingowanym procesie o przestępstwa na zapleczu frontu sowieckiego w Polsce, 21 czerwca 1945 r. został skazany w „procesie szesnastu” na 10 lat więzienia. Zmarł w niewyjaśnionych okolicznościach w więzieniu na Łubiance 24 grudnia 1946 r.